A necessidade de um hospital para ensino clínico precede o campus do Fundão e até mesmo a criação da Universidade. Documentos históricos como relatórios, discursos de posse de professores e outras memórias comprovam que esse anseio já estava presente na Faculdade de Medicina antes de sua incorporação ao projeto universitário.
No final da década de 20, um prédio foi construído para esse fim, próximo à estação da Mangueira. Houve, porém, tanta desavença entre a equipe da Faculdade e o Conselho de Assistência Hospitalar do Brasil, que o projeto ficou parado no meio e dele restou apenas um esqueleto de concreto – ocupado por uma favela e, mais tarde, transformado no atual prédio da Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ).
Em duas outras ocasiões perdeu-se a chance de adquirir o sonhado hospital-escola. Nos anos 1940, o governo federal entregou à Faculdade de Medicina o Hospital Pedro Ernesto, cujas obras estavam paralisadas. Ao examinar suas plantas, porém, os professores das áreas clínicas fizeram inúmeras solicitações de alteração, que inviabilizaram o projeto – o prédio foi devolvido ao governo e tornou-se, mais tarde, o Hospital das Clínicas da UERJ, hoje Hospital Universitário Pedro Ernesto. Já no governo Juscelino Kubitschek, foi oferecida à Faculdade a compra de um recém-construído hospital que, originalmente, destinava-se à Companhia Sul América de Seguros. Embora aprovada pela comissão universitária responsável, a transação não se concretizou – atualmente, funciona ali o Hospital Geral da Lagoa.

Os prejuízos gerados pela falta de um hospital universitário foram destacados pelo cirurgião Augusto Brandão Filho em seu discurso de posse na direção da Faculdade de Medicina, ao final da década de 1940. Sua atuação foi decisiva para que, em setembro de 1950, finalmente fossem iniciadas as obras de construção do prédio que abrigaria o hospital do Fundão, sob a liderança do arquiteto Jorge Moreira. O projeto, grandioso, previa uma área de 200.000 m2 e capacidade para 1.800 leitos.
Por falta de verbas, a construção foi paralisada em 1955. Apenas em 1967, por iniciativa do reitor Raymundo Moniz de Aragão, voltou-se a discutir o projeto do hospital, com o estabelecimento da Comissão de Implantação, sob a liderança de Clementino Fraga Filho, então vice-reitor da Universidade, e com o apoio dos arquitetos Oscar Valdetaro e Roberto Nadalucci. Os alunos também foram decisivos nesse processo, participando do movimento pela retomada das obras e organizando uma aula simbólica no pavimento térreo da estrutura de concreto, ministrada por Fraga Filho.