A comunhão entre ensino e assistência deve ser ressaltada como um aspecto inovador particularmente relevante no período de implantação do HU – até então, eram muito separados esses dois aspectos: colocavam-se, de um lado, as instituições de formação e, de outro, as de atendimento. A implementação dessa ideia, no entanto, enfrentou resistência de parte dos docentes, e a solução encontrada foi criar um modus operandi em que o hospital representasse uma miniatura do sistema de saúde, resguardando-se para que o atendimento básico não assoberbasse a capacidade do hospital de maneira a impedir os atendimentos de alta complexidade.
Foram criadas divisões de Saúde da Comunidade, Enfermagem e Apoio Assistencial, de modo a formar uma rede de apoio multidisciplinar que desse suporte à Divisão Médica no exercício das atividades de assistência. A Divisão de Saúde da Comunidade, por exemplo, desenvolveu programas extra hospitalares de promoção da saúde e prevenção de doenças. Outra divisão ficou responsável pelos serviços de farmácia, nutrição, serviço social e documentação médica. Nenhuma delas estava subordinada à área médica.

Sendo o HU, acima de tudo, uma unidade de saúde, seu foco principal precisava ser, obrigatoriamente, o paciente. Por isso, uma série de iniciativas foram tomadas para garantir seu bom atendimento: setores de internação e ambulatórios confortáveis, áreas de lazer e refeitórios para os doentes sem restrição de locomoção, cuidado com as roupas de cama e de uso diário etc. Uma associação foi criada para arrecadar doações para os pacientes mais pobres, fornecendo-lhes medicamentos, próteses e outros itens.
Com essa mentalidade, o HU tornou-se parte importante do sistema de atendimento à saúde em seu distrito sanitário – a Ilha do Governador. Em uma articulação com as autoridades estaduais, a previdência social e autoridades locais, formou-se uma rede de atendimento, na qual o hospital universitário era o representante do setor terciário. Para essa articulação funcionar, foram criados, por exemplo, uma central de vagas de internação e um sistema de triagem, recepção e derivação. Como resultado, a região se beneficiou de um sistema mais coeso de atendimento, que serviu de modelo a ser replicado em outros locais.